inla_install

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INLA installation

继上次在hpc上安装了jags后，自以为不会再踩坑任何的r package install，没想到inla又来一遍，不知道和界园拿不到特种券和这个谁更恶心一筹^^

官方安装教程

链接：R-inla project
找到对应的版本在HPC的R环境里安装。

但是很明显，事情没有这么简单：

  • HPC能否连接外部网络（过滤规则非常抽象）
  • 下载超时

所以主要想记录一下官网下载 tar 之后本地解压安装方法~

本地安装

下载

地址: inla download
至于该下哪个版本：
inla-R

传输到HPC

没什么好说的，新建一个 dir 然后 winSCP 操作一下就传上去了

安装

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R
install.packages("./INLA_24.05.10.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

这样可以保证不会出现网络问题/超时/无法访问等，强烈推荐（真

检测一下安装情况

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R
library(inla)
# 这里提醒我缺失 fmesher
# 解决办法就是 conda/mamba install fmesher
# 再lib一下就ok

运行inla

根据 inla讨论，如果直接运行官网的example code会报错，还需要运行：

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R
inla.binary.install()

然后选择对应的系统(CentOS, Ubuntu等)。

到这应该结束了（撒花）

Note

一些实用的

  • 设置安装的镜像
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    R
    # 查看现有镜像
    options()$repo

    # 设置镜像
    file.edit(file.path("~",".Rprofile"))
    # 写入镜像
    options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","The Comprehensive R Archive Network","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
  • 修改安装最大等待时间（默认60s能干什么请问）
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    R
    # 改成300再install
    options(timeout = max(300, getOption("timeout")))

Reference

  1. 如何在linux系统中用conda安装R环境及R包

  2. r-inla project

  3. inla conversation